Principem transpoziční šifry je změna pořadí jednotlivých znaků textu (permutace) na základě předem domluveného systému. Výhodou tohoto postupu je jeho jednoduchost – může ho použít klidně dítě, protože není obvykle třeba jakákoliv znalost matematiky. Nevýhodou je jeho více či méně snadná analýza (dle pravidla transformace), další významnou nevýhodou je snadné odhalení jazyka otevřeného textu pomocí frekvenční analýzy (znaky zůstavají totožné, mění se jen jejich pořadí).
Použitím transpoziční šifry dochází k difůzi – rozprostření redundance jazyka napříč zprávou.
Příklad
OT: SKAKALPESPRESOVESPRESZELENOULOUKU
Pravidlo: Zapišme text do tabulky s pěti sloupci (padding: „X“), tabulku překlopme podle diagonály a čtěme po řádcích.
ŠT: SLRESNUKPESZOKAESPEUUSKORLLXAPVEEOX
Dešifrování
Protože měl obdélník 5 sloupců, tak má po transformaci 5 řádek. Zapišme tedy došlý ŠT do obdélníku s pěti řádky – máme 35 znaků, tzn. 7 sloupců. Tímto jsme dosáhli toho, že máme před sebou obdélník, který měl šifrující na pravé straně od šipky (vizte obrázek). Buď ho ještě otočíme nebo rovnou čteme po sloupcích.
Útoky na transpoziční šifru
Útok pomocí vycpávky
Nejefektivnější je zaútočit na tento typ kryptosystému pomocí paddingu (vycpávky). Protože víme, že byly vloženy znaky X na konec textu (aby se text zarovnal na plný obdélník) a z ŠT víme, že po transformaci je padding od sebe vzdálen 7 pozic a má celkem 35 znaků, tak je zřejmé, že měl původní obdélník původně 7 řádek a 5 sloupců – můžeme dešifrovat.
Útok faktorizací
Protože se každé číslo dá rozložit pouze na omezený počet dělitelů a známe počet znaků ŠT, tak také můžeme snadno prozkoušet všechny kombinace počtů řádků a sloupců.